La República del Ecuador y la Soberana Orden de Malta establecieron relaciones diplomáticas bilaterales en 1953.

En 1985, se firmó un Acuerdo Postal entre la República del Ecuador y la Soberana Orden Militar de Malta, mientras que en 2001 se estipuló un Acuerdo de Cooperación enfocado en el fortalecimiento de la acción humanitaria en el país a través de los organismos nacionales e internacionales de la Orden.

A lo largo de los años, ha habido intercambios de visitas al más alto nivel, lo que confirma los vínculos positivos de la Soberana Orden Militar de Malta con el pueblo y las instituciones ecuatorianas. 

En tiempos recientes, nuevos proyectos de salud y sociales han sido exitosamente implementados por la Asociación Nacional y la Embajada de la Orden, en una coordinación amistosa y productiva con las autoridades y comunidades locales.

Recientemente, el 14 de mayo de 2024, el Gran Canciller de la Soberana Orden Militar de Malta, Riccardo Paternò di Montecupo, y la Primera Dama de la República del Ecuador, Lavinia Valbonesi de Noboa, se reunieron en el Palacio Magistral. El fortalecimiento de los proyectos humanitarios en curso y la planificación de futuras colaboraciones sociales fueron los temas centrales de las discusiones.